但太平军眼下是冷热兵器混用，而且作战规模越来越大，太平军使用的周礼军制已经不适合这种作战需要了。太平军的一个军有一万多人，旗下一个师两千六百多人，在作战的时候，一个战术方向上使用一个战术单位是较好的，而太平军一个军的兵力到下一级忽然锐减为两千多人，在大兵团作战的时候是明显不够的，而在小规模作战中又显得太多。随后的几级编制中都存在这样的问题，原因就是太平军编制是五五编制，五卒为旅，五旅为师，五师为军。
在萧云贵看来既然太平军正在向热兵器军队过渡，因此这次整编需要连同军队编制一起进行改变，改变成更加适合热兵器作战需要的三三制。
军队体制编制“三三制”；最早起源于英国将军汉密尔顿爵士依据军事组织的历史得出的结论。他认为基层军队管理幅度应在三至六人之间；三人将使一名军官相当忙碌；而六人也许要一天工作十小时。他论述道：“我们越是接近整个组织的最高司令；就越是应当按三人一组进行工作；我们越是接近整个组织的基层（战列步兵）；就越是应当按六人一组进行工作。”他的这个理论影响甚大；英国的军队体制依此按“三三制”编制。随后，苏联等国均采用此编制。
三三制在热兵器军队兴起之初得以广泛运用还有一个重要的问题就是战场通讯问题。冷兵器是听鼓声而进，看令旗为伍，闻号炮为令，简单的一些指令兵卒可以根据这些来服从命令。而热兵器军队就不同了，就像一个简单的排队枪毙就需要整个战线的士兵统一动作，统一发扬火力。因此在热兵器战争中，一个军官指挥几个士兵才不会忙中出错呢？汉密尔顿爵士已经找到了答案。
当然三三制在现代已经不适用了，因为现代战争的通讯手段改变，每个单兵的通讯装备都很好，一个军官可以指挥更多的士兵，因此现代军队的编制更趋于灵活。
第三消除帮派则是萧云贵的一个很重要的整编理由，明面上是消除军队里的帮派山头，实则萧云贵是要打破太平军中兵为将有的现状。就像李秀成部、林启荣部、林凤祥部等等，他们的手下部将越来越多的成为各部将领的亲信，萧云贵不希望看到今后自己指挥不动军队的情况发生。因此他必须打破这种局面，牢牢的把军队抓在自己的手中。
虽然说李秀成、林启荣、林凤祥这些人对自己都是忠心耿耿的，但历史上的忠王不也是经常不听天京方面的将领么？萧云贵需要通过整编部队来打散原来的格局，西殿太平军的将领今后将实行轮换。
同时军队里现在也的确是帮派林立，什么天地会、什么小刀会、什么厦门义军、什么青浦义军，士兵们喜欢按照原来的帮派拉帮结伙。萧云贵不能容忍这些旧有的帮派势力渗透自己的军队，整编就是最好的手段。
然后就是几个军队制度的改变，其一是典官制度的改变，今后随军典官将正式改名为教导官，他们除了教士兵识字之外，最重要的作用就是掌握士兵的思想，时常给士兵们洗脑。教导官将单独由讲武学堂的政治司培养，政治司的司长是王辏г耍庖彩窍粼乒笠桓鲋匾俅耄幌Ｍ又富诱钦富泳印?br />
其次便是参谋制度和后勤制度的改革，从前的将领眉毛胡子一把抓，既要筹划打仗，又要管后勤，不但非常的累，而且一不小心就会犯错。参谋制度和后勤制度的引入就很好的解决了这个问题，作战参谋要负责制定行军、绘图、驻扎、战术等计划，提供给将领参考，大大减轻将领的负担，同时人多也会避免单人思考不周而犯错。后勤制度则是军队供需完全不由一军将领掌握，完全由后勤司来掌管，将领不必再为军械钱粮而苦恼，后勤司会安排好一切。
这样一来，就会进一步削弱一个将领在一支军队中的作用，也保证一军将领出什么意外的时候，整支军队也不会因此混乱，参谋部和副官们还是会继续运作，把部队带好。同时，这也让萧云贵紧紧抓住军队的想法更趋牢靠。
最后的学新战术也就是通过整编，让各级军官，基层士兵重新操训，从而熟悉和掌握全热兵器的作战方法。
这次整编萧云贵和西王府上下、军中各级将领都计划了好久，虽然各种可能出现的情况都有解决方案，但毕竟军队是萧云贵和洪韵儿保命的命根子，因此军队的改革不像新政改革那样，萧云贵必须亲自坐镇。
第三百三十六章整编章程
萧云贵凌厉的目光扫视了场内众人一眼，在军中不比在西王府，在面对各方势力和政客的时候，西王需要刚柔并济，而在军中，西王的威势必须是十成的。
场内众人除了王辏г恕⒗钏固氐热酥猓溆嗟拇蠖际俏魍跏窒碌慕浚源咏鹛锲鸨岳矗魍跄歉沼挛奁ァ⒊宸娴谝坏耐蜕钌畹睦釉谖鞯钋熬恳桓鼋啃耐贰３ど持胶螅魍跻宦妨熳盼鞯钋熬险鞅闭剑闭咂啤⑺髡叻谔骄幸丫辛司竦某坪牛舨皇翘骄叛霭萆系劢蹋话菖枷竦幕埃魍跽庾鹁裨缇捅蝗斯┢鹄窗萘恕?br />
是以萧云贵往那一站，凌厉霸道的目光往下一望，自林启荣以下将士心头无不凛然，一个个坐得笔直，目不斜视。
“林启荣！”萧云贵厉声喝道，西王嗓门大人所皆知，这圣武殿上的回音效果又不错，隆隆回响之声不绝于耳。
人们耳中的回声还未消停，林启荣便站起身来，立正挺胸，也是大声回应道：“属下在！”
萧云贵很满意讲武学堂内将士们的表现，军人就该有这种一往无前的阳刚之气，他微微颔首道：“你来宣读这次的整编章程。”
林启荣行了个军礼大声应是，跟着翻开一份厚厚的公文卷宗大声的宣读起来：“奉西王令，晓谕全军，我太平圣兵披坚执锐、戮力杀妖，为天国开疆拓土，战功显赫、盛威兵雄。然今百姓青壮云从，各部兵甲器械不齐，新募将士战技不足，宿将旧部兵马疲惫。全军需整备编训。特命西殿兵部尚书李开芳、上海讲武学堂林启荣、王辏г俗约滓昃旁鲁跻蝗掌穑骷鞑拷勘砣说然慵虾＝参溲谜怠?br />
这次西殿太平军整编涵盖了几乎所有西殿正规太平军兵马，此时总计西殿各部兵马有十五万三千四百二十三人，其中男营兵马十二万八千五百四十三人，童营兵马一万三千八百七十二人，女营兵马一万一千零八人。
西殿兵马大致分布在三个方向，一部便是还在苏中和清军胜保部对峙的罗大纲、林凤祥部，该部有兵马五万余人。另一部是宁波李秀成部，该部有三万余人，正和福建的清军李廷钰部对峙。最后一部是陈玉成部。该部两万余人正和东殿杨辅清部攻略江西。其余的兵马分别驻守各大城镇要地，上海一地便有八千余太平军驻守。
林启荣所念章程中将整个整编计划分为三步走，第一步便是整训驻守各大城镇、要地的兵马以及三个战略方向上的二线部队。陈玉成、罗大纲、李秀成三部兵马的二线部队中抽调一部分，加上各地驻军当中先各抽调一半兵马整训，上海驻军因为离得较近。便是在第一批当中全部进行整训。
第一批整训兵马共计四万余人，上海林启荣部就占了大部分。第一批整训为期三个月。主要是重新编制军队建制、把参谋部、后勤部等人员加入进新编军队中。让将领、士兵们掌握新的战法。
第一批整编的四万余人计划编成一个军，三个师。其中太平军基本的作战单位一个伍将改为班，每班十人，班长、副班长、教导官各一人，其余七名战士。三个班组成一个排，三个排组成一个连。每连连长、连教导官、副连长、副教导官、各排排长、司务长等干部。加上炊事班，人数大约在一百二十人左右。一个营三个连，加上营直属人员，每个营四百余人。一个团三个营。一千三百余人。一个旅三个团，四千余人。一个师三个旅，加上师直属炮团，共计一万四千余人。一个军三个师，四万余人。
西殿太平军